La Iglesia de San Cleofás o Emaús recuerda el pasaje de los “Discípulos de Emaús”, que narra únicamente el Evangelio de San Lucas (Lc. 24, 13-35). Aunque existen otros lugares identificados como Emaús, la distancia del poblado de Emaús mencionada por el evangelista, 60 estadios de Jerusalén, que equivalen a unos 10 kilómetros, coincide perfectamente con la distancia entre El Qubeibe y Jerusalén. Por eso, los Cruzados construyeron aquí una iglesia sobre ruinas de una basílica bizantina del siglo V. A finales del siglo XIX la construcción cruzada en ruinas fue comprada por la marquesa Paulina de Nicolay, quien se la regaló a la Custodia Franciscana. Investigaciones posteriores identificaron en este lugar la antigua calzada romana y los restos de una construcción más antigua, denominada “Casa de Cleofás”.